觉醒者的一个更接近真实世界的一个更大范围的“母体”。因为曾经建筑师曾经建立过一个完全没有烦恼和忧愁和任何疾病苦难的黄金时代，最后这些人类却全部死亡，没有原因，最后建筑师得出结论就是人类必须要有困难和劫难，但是同时也必须要拥有希望，因此这个第二层虚拟世界也就应运而生，这个所谓的新世界——锡安所在的世界是用来取代影片中的母体的升级版本！
矩阵是一个建立在数学基础上的严整系统，一切都是有规律的，包括特工们和尼奥的超能力在内，都是包含在这个系统中的。而尼奥这个“救世主”的产生，则和数学中的哥德尔命题有关。奥地利数学家哥德尔在1931年发表了题为《论《数学原理》及有关系统的形式不可判定命题》的论文，其中提出这样一个观点，在任何数学系统中，只要其能包含整数的算术，这个系统的相容就不可能通过几个基础学派所采用的逻辑原理建立。简单地说，就是在任何系统中，总有些真理是游离于逻辑之外的，这些真理就叫做歌德尔命题。
在矩阵中，尼奥就是在矩阵这个严整系统中不能被数学推得的歌德尔命题，不符合系统的规律。
当尼奥重生后，他就担负起系统所有的扰动，所有的规则在他面前都变得透明，因此他能够看到系统中别人所看不到的东西。先知叫尼奥回到源头去终止灾难，在数学逻辑中就是将歌德尔命题变成整个系统的一部分，当作系统的一个变量，从而消除整个系统的不确定。如果尼奥当初选择了毁灭锡安的门，他所携带的代码将反馈给系统，将系统的稳定提高到一个新阶段。而这个选择的前提则是系统中没有斯密斯这个狂人。但从数学的角度上来说，这样的稳定也是暂时的，不是对系统的彻底修正，新的系统还是会产生自己的歌德尔命题，从而继续这个轮回。这就是为什么在尼奥之前会有五任救世主的原因。
按照建筑师最初编写救世主时的任务，救世主的使命就是在锡安运行一段时间后，将锡安的代码带回到mat日x的源程序进行重装，同时机器摧毁锡安，完成mat日x系统的升级。之后救世主将按照初始设置，带领16女7男返回真实世界，再开始重建锡安，等待下一代的救世主。而尼奥与前任们不同的是，建筑师在他的意识中编写了关于爱的编码，这本来是系统处于不断升级的需要，也是考察人类反应的新实验。但这个关于爱的编码，不但导致了尼奥在第二集中做出违背程序设置的选择，而且在第三集中将“爱情”升华为对世人的怜悯也就是博爱，从而最后终结了战争，